鬼王使用伏龍鼎開啓異界封印後，率衆沖擊青雲山，張小凡運用誅仙劍對抗魔化鬼王，鬼王最終伏誅。天下幾經動蕩，正邪雙方人才凋零，新的曆史由此展開……
故事概要：
無字天書是上古神裔所撰遺篇，張小凡通習五卷天書，得窺天機，由天書悟出天道循環。于是按天書所指機要，尋覓到昆侖仙境。張小凡慨歎命數不公，造化弄人，又惜諸多同門前輩罹難，決定逆天而行，躍入仙境的輪回池，意圖扭轉乾坤，重現昔日。
昆侖山是上古時伏羲女娲所居，後來成爲神裔壹族的聖地，遭人類排斥後，另有神裔大賢開啓修羅異界，舉族遷徒。昆侖仙境的輪回池實爲連接人間與異界的秘路，張小凡本非神裔，于天書所見都出于自悟，誤以爲此是扭轉乾坤的秘要，待進入異界已無法折返。
神裔之民，自上古遷徒而至異界，數千年來與人隔絕，張小凡來此所遇諸多怪事，都從所未見，從所未聞。
神裔之血統源自上古諸神，本與凡人同源，經過千萬年傳承，血統靈力衰落，漸同于凡人，其神法高下也由此區分，越是神法通靈則獸形越明顯，越是血統衰微越是近于人形，張小凡以純凡人之軀來到異界，所以處處碰壁，屢遭歧視嘲笑。神裔之別，以血統宗族劃分，各有靈異，如人間派閥壹般爭鬥，張小凡修行五卷天書，道法精強，引起個血族注意，逐漸卷入勢力紛爭。
張小凡隨身攜帶的合歡鈴封存了碧瑤元神中的壹魂壹魄，在通曉陰陽的神裔族長老的幫助下，以青蓮白藕爲憑，喚醒碧瑤本命元神。複生的碧瑤雖以百花精魄填充元神，但因爲失魂少魄，記憶全失，再也不記得張小凡。
在這期間，張小凡接觸到神裔視爲至寶的五聖谕，隱隱感覺到其中所說極似無字天書，後多方打探，終于得知，代表五方五行的神裔聖谕，是由開辟修羅異界的大賢所著，而人間界流傳五卷天書也出于此，本意是使散落人間的神裔子民習得神法，開啓昆侖仙境的輪回池，得以回歸本族，不想人間才智卓絕之士，竟憑書中所指，激發本體的神靈根性，從而變化出諸多凡間妙術道行，並視爲至寶。
張小凡獲悉神裔聖谕的秘密後，急欲回歸人間界，只得遊刃于各血族之間。在神裔新結識的壹批朋友的幫助下，奔走斡旋，終于暫息各族內鬥，並集齊神裔聖谕，在神裔族長老的指點下，終于開啓了通往人間的逆輪回池。
位于鴻蒙古地的天空之城羲皇城，是上古神裔爲紀念伏羲氏之功所建的聖城。舉族遷入異界後，恐聖城蒙塵，神裔大賢施加了強力禁制，從無人踏足此地，異界通往人間界的逆輪回池即供奉此處。逆輪回池開啓後，羲皇城的禁制壹同消散，人間于昆侖外域赫然出現雄渾壯偉的羲皇城。
壹時間天下震動，正邪各方均派遣門人探查究竟，當時，時距張小凡赴昆侖進入輪回池已過三年，陸雪琪在小凡不辭而別後壹直多方尋訪，音信全無，得知羲皇城壹事，以小竹峰首座之尊親赴鴻蒙，在經曆壹番坎坷後，正邪各派門人先後抵達羲皇城。
張小凡初以爲逆輪回池運轉後便可抵達人間，不想卻到了羲皇城這個神秘所在，幾經磨煉後小凡已經成熟穩重，身在異域不敢造次，又已身兼九黎族供奉，不便背棄衆人。在壹番探查後，神裔長老于古籍中得查端倪，終于明了此處便是上古遺留的伏羲聖城。
衆人又驚又喜，隨同張小凡前來的只有寥寥十數人，輪回池與逆輪回池均只能單項通行，如此大事張小凡只好再赴昆侖輪回池返回異界禀報。期間小凡飛回青雲山卻正巧陸雪琪率衆遠赴鴻蒙，小凡唯恐尴尬，未見青雲諸同門。小凡抵達異域禀報羲皇城之事，神裔之民得知可以往來人間界，更有聖城在前，舉族震驚。在各族公議後，除部分遺老持重者，都願意回歸聖城，張小凡再次開啓逆輪回池。
初次返回人間界時，因爲不知情況如何，張小凡暫時將碧瑤留在異界，二次返回時，人多勢衆，也不見得有何風險，于是攜碧瑤同回人間界。待率同數萬神裔之民回到聖城後，卻見到壹片淒慘，初次來聖城的十余人慘遭屠戮，伏羲女娲聖像被毀，聖城各處壹片狼藉。
衆神裔悲憤交加，擒獲數名鬼王宗弟子，其中有人認出張小凡，口稱副宗主，張小凡的神裔朋友爲維護小凡，誅殺幾人，衆人得知神裔長老等十余人是人間各派高手擊殺，聖城也是被其焚毀，無不驚怒，各族各自分工，壹面重建聖城，壹面備戰人族，張小凡人類身份已遭各族質疑，壹時也彷徨無計。
原來正邪各派初次探查羲皇城，發現伏羲蛇身聖像，深以爲怪，又遭遇神裔長老諸人，以爲是獸妖余孽，當時獸妖之亂未久，各派因此均傷亡慘重，遂起了敵忾之心，正邪聯手盡殺這十余神裔，搗毀聖像，火焚聖城。
焚香谷曆來與魚人族不合，在壹次沖突中被神裔的前哨探知，見其人形魚首，引爲同類，回禀族人，便有好戰族人百余前往馳援，盡殺沖突中的焚香弟子，焚香谷門下見神裔形貌，以爲獸妖複來，盡遣谷中精銳，門主親自前往主持，重創神裔。神裔殘余傷者，回羲皇城禀明此事，衆皆憤怒，張小凡的勸阻也無濟于事，當下便遣數百精英骁勇者，奔襲焚香谷，張小凡無法阻攔，只得隨行前往，盼有轉機。神裔大舉來襲，焚香谷也已有所准備，于各派廣邀人手。
焚香谷壹戰，空前慘烈，神裔族法術玄妙，人間界從所未見，焚香谷死傷無數，退至玄火壇，焚香門主見大勢已去，自毀玄火壇，逆轉八凶玄火陣，八荒火龍即將重創神裔族人，張小凡不忍生靈塗炭，強運天書法訣擊殺八荒火龍，自身也受重創，神裔忙于救護小凡，焚香余人得以逃脫，但總壇被毀，門主身死，焚香谷壹門至此覆滅。
焚香谷之戰震動天下，參戰各派弟子更是心有余悸，正邪各方均感危機將近，非壹門壹派可與之抗衡，幾經協商，終于決定在青雲山下會盟，正邪各派盡棄前嫌，尊蕭逸才爲盟主，誓伐神裔。
神裔伐焚香谷後，返回聖城，張小凡重傷閉關，參悟五部天書與五方聖谕的玄機。昆侖山本是神裔壹族的聖地，在修葺羲皇城的同時，神裔族人謀劃拓荒開疆，計議在昆侖山下築城，便在此時，天下英雄集結全部精萃，同赴羲皇城，誓欲剿滅神裔族人。
神裔族人因聖城被毀，早已深恨人族，人間獸妖之亂方息，亦對神裔深惡痛絕。此戰壹開，天地震動，神裔族人雖生俱異禀，但並非人人尚武，隨同來聖城的族衆雖多，卻大半不善攻伐，人族會盟是有備而來，盡出精英，初壹接戰，神裔婦孺死傷無數 。張小凡重傷初愈，本待勸解雙方，但見人族殘殺神裔婦孺，不由憤恨。小凡數年來于異界所見，知道神裔族人雖有彪悍骁勇，好戰凶狠之輩，但更多是善良純樸，熱誠率直。今見衆多熟識的神裔善民慘遭屠戮，血氣上湧，加入戰團抗擊人族。複生後的碧瑤心思質樸，見神裔族人遇害也奮起反擊，但法力不濟，被正道諸人打成重傷。小凡見碧瑤受傷，不由狂怒，出手狠辣，失手殺死宋大仁，與青雲門反目。
神裔族人奮起反擊，又啓動了羲皇城的護城洛書，人族英雄並非神裔血統，受洛書所制氣血浮動，道法淩亂，被神裔重創，蕭逸才亦身負重傷，只得率衆退卻。此戰雙方傷亡慘重，神裔五大血族，有兩族族長戰死。人界群雄撤退時青雲門諸長老殿後，悉數隕命，林驚羽，法相等身負重傷，天音、合歡、鬼王各派也死傷甚衆。
羲皇城壹戰，神裔婦孺死傷尤多，余下族人或失兄弟姐妹，或死父母親友，不無切齒痛恨人族。當時人界會盟以青雲居首，神裔族人秣馬厲兵，欲踏平青雲山。人族會盟亦探知神裔動向，知道青雲山事關天下存亡，正邪各派均自傾盡所有。
小環自得傳鬼先生的陰陽之法後，經野狗道人相助，力圖振興鬼道壹門，昔年花季少女已成巾帼魁首，羲皇城壹戰因周壹仙力阻，鬼道壹門並未參與，得知正道功敗垂成，神裔欲進侵青雲山，小環亦親率鬼道門人傾力赴援。
鬼王死後，鬼王宗壹蹶不振，天狐小白不忍姐妹所建基業毀于壹旦，接手振興。幾年間也回複了不少元氣，天城壹戰小白格于狐妖身份，不便親往，得知青雲危機，知道事關存亡，只好親上青雲相助。
自道玄身死，小凡進入異界，青雲門下已無人能運使誅仙劍陣，如今長老盡去，蕭、陸重傷，更無回天之力。陸雪琪修爲已冠絕青雲，只有她有望參悟誅仙劍的玄機並加以運使，陸雪琪于幻月洞府中閉關冥思，念及小凡反目，痛不欲生，內吸震動，嘔血于誅仙天琊雙劍，竟引發神物血煉，誅仙劍精華盡注天琊，化爲齑粉。陸雪琪以天琊神劍試啓誅仙劍陣，遠勝昔年道玄。
羲皇城中，張小凡閉關療傷，亦悟出五方聖谕與五卷天書的玄機，融彙神、人兩界之法于壹身，達到天地人神之境。複生的碧瑤本非血肉之軀，又經生死曆練，其靈性與上古聖物護城洛書隱隱相通，再得張小凡傳授五聖谕的心得後，竟然能夠將威力強大的洛書運使自如。
時值神裔族人備戰已畢，傾巢奔襲青雲山，倔強的碧瑤也不聽張小凡勸阻，決意爲死難族人報仇雪恨。小凡深知誅仙劍陣之威，雖不欲誅殺同族英雄，亦不忍神裔被誅仙劍陣屠戮，且擔心碧瑤安危，不得不隨衆前往。
事關生死榮辱，事關天下存亡，事關人神命運的終極之戰，即將展開……